Paleontologis telah menemukan banyak fosil hewan prasejarah di Kenya. Di satu situs penggalian fosil, 200 fosil dinosaurus Cretaceous dan buaya raksasa telah ditemukan, berasal dari Zaman Mesozoic, sekitar 200 juta tahun yang lalu. Fosil-fosil tersebut ditemukan oleh sebuah tim dari Universitas Utah dan National Museum of Kenya pada Juli-Agustus 2004 di Lokitaung Gorge, dekat Danau Turkana. Berdasarkan penemuan di Danau Turkana bahwa hominid seperti Homo habilis (1,8 dan 2,5 juta tahun lalu) dan Homo erectus (1,8 juta sampai 350.000 tahun lalu) kemungkinan adalah turunan langsung dari Homo sapiens modern dan mereka tinggal di Kenya pada masa Pleistocene. Pada 1984 sebuah penemuan oleh paleontropologis terkenal Richard Leakey dan Kamoya Kimeu menemukan tulang dari anak Turkana yang merupakan Homo erectus dari 1,6 juta tahun lalu. Riset awal mengenal hominid dilakukan oleh Louis Leakey dan Mary Leakey, yang bertanggung jawab untuk riset arkeologikal awal di Ologesailie dan Bukit Hyrax. Kerja berikutnya dilakukan oleh Glynn Isaac.
Orang Afrika utara pindah ke Kenya pada sekitar 2000 SM. Pedagang Arab mulai mengunjungi daerah pesisir Kenya pada awal abad pertama. Karena jarak Kenya yang dekat dengan Semenanjung Arab mengundang kolonisasi, dan tempat tinggal orang Arab dan Persia berkembang di sekitar pesisir pada abad ke-8. Pada awal millenium, suku Nilotic dan Bantu mulai masuk ke daerah ini, dan sampai sekarang merupakan tigaperempat dari populasi Kenya. Beberapa abad sebelum kolonisasi, Kenya merupakan bagian dari daerah timur Afrika yang digunakan oleh bangsa Arab untuk mencari budak. Awalnya pencari budak ini berasal dari Arab, namun kemudian juga datang dari Zanzibar (seperti Tippu Tip). Suku Ameru berasal dari budak yang kabur dari tanah Arab sekitar tahun 1700. Swahili, sebuah bahasa Bantu yang menggunakan banyak kata dari bahasa Arab, berkembang menjadi lingua franca untuk perdagangan di banyak kalangan.
Orang Portugal merupakan orang Eropa pertama yang menjelajahi Kenya, Vasco da Gama mengunjungi Mombasa pada 1498. Portugis mengontrol bagian pesisir Kenya mulai dari Malindi sampai Mombasa. Kehadiran kolonial Portugis di Afrika Timur secara resmi dimulai pada 1505, ketika flagship di bawah pimpinan Don Francisco De Almeida membom dan merampok Kilwa, sebuah pulau yang terletak di selatan Tanzania. Berikutnya, orang Portugis merampok Mombasa ketika pemimpin kota menolak untuk membayar pajak. Kemudian Hoja (sekarang dikenal sebagai Ungwana, terletak di mulut Sungai Tana), Barawa, Angoceh, Pulau Pate juga diserang dan kota-kota pesisir lain sampai Samudra India barat merupakan surga bagi kepentingan perdagangan Portugis dan pajak diserhakan kepada Portugis oleh kota-kota di sepanjang pesisir Afrika Timur.
Kenya adalah republik demokrasi perwakilan dengan sistem presidensial, di mana Presiden Kenya menjadi kepala negara dan kepala pemerintahan sekaligus. Negara ini juga memakai sistem multipartai. Kekuasaan eksekutif dipegang oleh pemerintah, yang juga memegang kekuasaan legislatif bersama National Assembly. Kekuasaan yudisial tidak dipengaruhi oleh dua kekuasaan tersebut. Sejak kemerdekaannya, Kenya berhasil menjaga stabilitas di tengah perubahan sistem politik dan krisis-krisis di negara tetangganya. Ditambah lagi setelah dianutnya demokrasi multipartai, penduduk Kenya bisa menikmati kebebasan yang lebih. Reformasi yang dilaksanakan parlemen pada tahun 1997 merevisi beberapa undang-undang yang opresif, diwariskan dari era kolonial dan mengekang kebebasan berbicara dan berkumpul.
Pada Desember 2002, terjadi perubahan dalam kekuasaan di Kenya. Untuk pertama kalinya diadakan pemilu yang terbuka dan demokratis, serta oleh pengamat internasional dinilai bebas dan adil. Kekuasaan yang tadinya dipengang satu partai sejak merdeka berpindah ke koalisi-koalisi baru partai politik. Dari pemilu tersebut, Mwai Kibaki terpilih menjadi Presiden Kenya. Pada Desember 2007, Kibaki memenangi pemilu presiden secara kontroversial. Akibatnya kerusuhan pecah di Kenya. Kemudian pada April 2008, Kibaki mengumumkan kabinet baru yang merupakan koalisi antara partai berkuasa dan opisisi di mana pemimpin opisisi Raila Odinga menjadi Perdana Menteri Kenya. Masing-masing partai juga berhak memilih wakil perdana menterinya sendiri.
