Kemudian dari lembah dibawahnya mulai didirikan kastil yang selanjutnya berkembang menjadi permukikan dan terkombinasi menjadi sebuah kota besar. Pada tahun 1172 Juditin Most (Jembatan Judit atau Judith Bridge (Inggris)) di selesaikan. Kemudian pada tahun 1230 Kota Lama (Staré Město) yang diikuti oleh bersatunya beberapa perkampungan kecil dikelilingi oleh benteng. Pada waktu itu diseberang sungai Vltava dan Kota Tua didirikanlah Kastil Praha dan pembangunan Balai Kota Tua (Staroměstská) pada tahun 1338. Pada tahun 3142 banjir menghancurkan Jembatan Judit, dan sesudahnya tak seberapa lama dibangunkan jembatan baru yang disebut sebagai Karluv Most (Jembatan Charles). Dua tahun kemudian Ke-Uskupan Praha dinaikkan menjadi Ke-Uskupan Agung dan dimulainya pembangunan St. Vitus Katedral.
Pada tahun 1357 Petr Parléř memulai pembangunan Jembatan Charles dan pada tahun 1391 dibangunlah Gereja Betlehem. Gereja ini merupakan tempat dimana Jan Hus memberikan argumennya dan dibuka pada tahun 1394 sebagi gereja pembaharuan pada abad Pertengahan Bohemia. Pada abad ke-15 masyarakat Praha mulai adanya pertentangan sosial dan agama. Pada masa ini banyak orang yang tidak setuju dengan Gereja Katolik Roma dan mendirikan Pergerakan Pembaharuan yang dipimpin oleh Jan Hus (Rektor Pertama Universitas di Praha - Charles University in Prague). Persidangan dan eksekusinyanya oleh Konsili Konstanz menyebabkan dia dibakar pada tahun 1415 yang disaksikan oleh para masyarakat dan martir. Kematiannya menyebabkan ketidakpercayaan dan perlawanan terhadap Roma, situasi kemudian bergerak dengan cepat dan menyababkan para penganut Hus di Praha pada tahun 1419 (atau dikenal sebagai Hussite).
Akibatnya Raja Sigismund dikirim untuk menghadapi Perang Pertama pada tahun 1420 tetapi kemudian pasukannya terbunuh. Praha Hussite kemudian terbentuk berdasarkan politik dan agama, berdasarkan pada ide Hussite Bohemia dan kemudian seluruh kerajaan terlibat dalam perang saudara. Komandan Hussite dipimpin oleh Jan Želivský. Para penduduk Praha memperingati keberhasilan kemenangannya sampai pada tahun 1434 ketika pada Hussite dikalahkan di Pertempuran Lipan. Hal lain yang penting pada saat ini yaitu pemilihan Jiřího z Poděbrad (George of Podebrady) sebagai raja yang dilantik pada tanggal 27 February 1458 di Balai Kota Tua. Selain hal tersebut selama masa ini Gereja Katolik Roma memberikan tekanan untuk mengembalikan kekuasaan dengan memberikan perlawanan pada para Hussite yang sebagian besar dari negara-negara Katolik