Pada tanggal 29 November 1965 Universitas Trisakti dibuka kembali setelah adanya penandatanganan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 013/dar tahun 1965 oleh Dr. Syarif Thayeb dengan nama baru, yaitu Universitas Trisakti. Nama tersebut merupakan penganugrahan langsung dari Dr. Ir Soekarno yang menjabat sebagai President Republik Indonesia pada saat itu. Berdiri di atas bangunan semi permanen seluas 5.000 m2 , tenaga dosen 223 orang dan 2.328 mahasiswa terdaftar. Pada tahun 1967 Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Mashuri, SH menawarkan agar Universitas Trisakti menjadi Perguruan Tinggi Negeri, namun pihak Universitas Trisakti memutuskan untuk tetap sebagai Perguruan Tinggi Swasta.
Universitas Baperki (1958 - 1962)
Universitas Trisakti pada awal berdirinya diberi nama dengan Universitas Baperki yang didirikan oleh para petinggi organisasi Baperki pada tahun 1958. Tidak lama setelah itu, tepatnya pada tahun 1962 nama tersebut berubah kembali menjadi Universitas Res Publica, atau yang lebih dikenal oleh masyarakat pada waktu itu dengan nama URECA. Universitas ini awalnya dibangun untuk menjawab tantangan keterbatasan kesempatan jenjang pendidikan tinggi ditanah air, baik bagi banyak rakyat miskin maupun warga keturunan pada umumnya. Melihat keadaan ini maka Siauw Giok Tjhan, seorang wartawan dan aktivis politik, yang mana menjabat sebagai ketua umum Baperki pada saat itu, memprakarsai pengumpulan dana yang digalang baik dari kalangan pribumi maupun keturunan guna membangun suatu wadah dan media pembelajaran akademis bagi masyarakat luas.
Universitas Res Publika (1962 - 1965)
Pemilihan nama Universitas Res Publica itu sendiri diambil dari kepingan pidato kepresidenan yang disampaikan oleh Presiden Soekarno yang berarti "Untuk Kepentingan Umum", sehingga Universitas Res Publica pada waktu itu adalah suatu wadah pendidikan yang didirikan dan bertujuan untuk mewakili kepentingan rakyat dan masyarakat banyak. Selang beberapa tahun setelah itu, Indonesia mengalami peristiwa G30S PKI pada tahun 1965, yang mengakibatkan dibubarkannya Baperki oleh pemerintahan Orde Baru pada tahun 1966. Kejadian tersebut secara langsung menyebabkan pengambil alihan URECA, kembali ke tangan pemerintah. Hal ini disebabkan karena URECA pada saat itu digolongkan sebagai salah satu kendaraan golongan Komunis Indonesia yang anti Pancasila, dan dianggap telah berkhianat kepada kedaulatan kehidupan kebangsaan dan bernegara.
Seiring dengan tergulingnya masa pemerintahan Presiden Soekarno, banyak mahasiswa URECA yang sebelumnya telah terdaftar di Universitas tersebut, tidak mau mendaftarkan kembali status kemahasiswaan mereka. Hal ini dikarenakan banyak dari mereka yang telah terdaftar menjadi anggota, partisipan maupun pengurus dari organisasi CGMI (Consentrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia) yang mempunyai kecenderungan beraliran kiri (oposisi pemerintah) atau sekadar khawatir akan stigmatisasi kiri beserta paham komunisnya. Selanjutnya Universitas Trisakti berdiri setelah dibubarkannya Universitas Res Publica oleh masa pemerintahan orde baru, yang pada awalnya merupakan prakarsa dari ketua umum Baperki, Siauw Giok Tjhan.
Setelah dibubarkannya Universitas Res Publica dan pengambilalihan gedung operasional oleh pemerintah masa Orde Baru, Universitas Trisakti terlahir dengan wujud dan bentuk yang baru. Pembentukan susunan kepengurusan dan keanggotaan dewan operasional yang dilakukan dan dipimpin langsung oleh pemerintah. Dari pembentukan tersebut maka disepakati bahwa universitas akan dipimpin oleh Presidium sementara yang terdiri dari tiga unsur, yaitu unsur Departemen PTIP, unsur ABRI dan unsur Lembaga Pembinaan Kesatuan Bangsa (LPKB).
Universitas Trisakti (1965 - sekarang)
Berdasarkan konsesus tersebut maka Universitas Trisakti merupakan unit perguruan tinggi swasta yang pertama dan satu-satunya, yang didirikan oleh pemerintahan Republik Indonesia. Pada awal berdirinya Universitas Trisakti hanya terdapat 5 Fakultas, yaitu Fakultas Teknik yang dibawahnya terdapat 5 jurusan (Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Sipil, Arsitektur & Seni Rupa), Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Kedokteran, Fakultas Ekonomi dengan 2 Jurusan (Ekonomi Perusahaan, Ekonomi Akuntansi), serta Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat.
Pada masa sekarang kampus Universitas Trisakti, juga dikenal karena keterterlibatannya dalam peristiwa 12 Mei 1998 atau yang lebih dikenal dengan Tragedi Trisakti yang menyebabkan empat mahasiswa Universitas Trisakti meninggal dunia dalam baku tembak oleh aparat keamanan, sesaat para mahasiswa memutuskan untuk melanjutkan demo dan turun ke jalan. Mahasiswa yang telah gugur adalah: Elang Mulya Lesmana, Hafidhin Royan, Hery Hartanto dan Hendriawan Sie.
Sejak 2002 Trisakti resmi menerapkan (merupakan bagian Pilot Project) RUU Badan Hukum Pendidikan, Konflik yang dipicu akibat pemisahan manajemen dari pihak Rektorat yang ingin mengatur peruntukan dan sejak saat itu. Pihak rektorat menyatakan sejak 29 Agustus 2002 Usakti secara resmi menjadi badan hukum pendidikan dan lepas dari Yayasan Trisakti secara hukum. Sedangkan yayasan berpendapat, ketentuan tersebut bertentangan dengan Peraturan Pemerintah Nomor 30 tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi yang menyatakan, semua tugas, fungsi, dan tata cara kerja perguruan tinggi harus sepengetahuan penyelenggara atas usul senat PT yang bersangkutan. Hingga saat ini trisakti resmi menerapkan Undang-Undang Badan Hukum Pendidikan.
