Pada 20 Juli 1998 PKS berdiri dengan nama awal Partai Keadilan (disingkat PK) dalam sebuah konferensi pers di Aula Masjid Al-Azhar, Kebayoran Baru, Jakarta. Presiden (ketua) partai ini adalah Nurmahmudi Isma'il. Pada 20 Oktober 1999 PK menerima tawaran kursi kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan KH Abdurrahman Wahid, dan menunjuk Nurmahmudi Isma'il (saat itu presiden partai) sebagai calon menteri. Nurmahmudi kemudian mengundurkan diri sebagai presiden partai dan digantikan oleh Hidayat Nur Wahid yang terpilih pada 21 Mei 2000. Pada 3 Agustus 2000 Delapan partai Islam (PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, PSII 1905) menggelar acara sarasehan dan silaturahmi partai-partai Islam di Masjid Al-Azhar dan meminta Piagam Jakarta masuk dalam Amandemen UUD 1945.
Akibat UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (electoral threshold) dua persen, maka PK harus mengubah namanya untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya. Pada 2 Juli 2003, Partai Keadilan Sejahtera (PK Sejahtera) menyelesaikan seluruh proses verifikasi Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah (setingkat Propinsi) dan Dewan Pimpinan Daerah (setingkat Kabupaten/Kota). Sehari kemudian, PK bergabung dengan PKS dan dengan penggabungan ini, seluruh hak milik PK menjadi milik PKS, termasuk anggota dewan dan para kadernya. Dengan penggabungan ini maka PK (Partai Keadilan) resmi berubah nama menjadi PKS (Partai Keadilan Sejahtera).
Setelah Pemilu 2004, Hidayat Nur Wahid (Presiden PKS yang sedang menjabat) kemudian terpilih sebagai ketua MPR masa bakti 2004-2009 dan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden PK Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro I PKS pada 26 - 29 Mei 2005 di Jakarta, Tifatul Sembiring terpilih menjadi Presiden PKS periode 2005-2010. Seperti Nurmahmudi Isma'il dan Hidayat Nur Wahid disaat Tifatul Sembiring dipercaya oleh Susilo Bambang Yudhoyono Presiden Indonesia ke 6 sebagai Menteri Komunikasi dan Informatika. Maka estafet kepemimpinan pun berpindah ke Luthfi Hasan Ishaq sebagai pjs Presiden PK Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro PKS II pada 16 - 20 Juni 2010 di Jakarta, Luthfi Hasan Ishaaq terpilih menjadi Presiden PK Sejahtera periode 2010-2015. Namun, dalam perjalanannya Luthfi Hasan Ishaaq mengundurkan diri karena diduga terkena kasus korupsi. Pada tanggal 01 Februari 2013 Hari Jumat Jam 15.15 WIB, Muhammad Anis Mata dipilih menjadi Presiden PKS yang Baru.
Pemilu 1999 - Pada 30 Mei 1999 delapan partai politik berasaskan Islam (PPP, Partai Keadilan, Partai Kebangkitan Ummat, Partai Ummat Islam, PPII Masyumi, PNU, PBB, dan PSII 1905) menyepakati penggabungan sisa suara (stembus accoord) hasil Pemilu 1999. Pada 8 Juni 2002, PKS menjadi salah satu partai yang menandatangani dokumen bersama dengan 15 pimpinan parpol lainnya yang menolak UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (electoral threshold) dua persen di Hotel Sahid, Jakarta. Dokumen bersama ini juga menuntut agar semua parpol peserta Pemilu 1999 diikutkan lagi dalam Pemilu 2004 walaupun ada parpol yang sama sekali tidak mempunyai perolehan kursi di DPR/DPRD. Pada bulan Maret hingga Juni 2003 tercatat aksi-aksi PK yang mendukung aksi-aksi PKS. Pada Pemilu 2004, PKS memperoleh suara sebanyak 7,34% (8.325.020) dari jumlah total dan mendapatkan 45 kursi di DPR dari total 550 kursi di DPR.
Pemilihan Gubernur DKI 2007 - Pada 26 Maret 2007 PKS secara resmi mencalonkan Adang Daradjatun dan Dani Anwar sebagai calon gubernur dan calon wakil gubernur DKI Jakarta untuk pilkada 2007. Pasangan ini kalah dari pasangan Fauzi-Prijanto yang diusung oleh koalisi 15 partai politik. Walaupun dikeroyok oleh koalisi 15 parpol, pasangan Adang Dani berhasil meraih 41,41%, sedangkan pasagan Fauzi-Priyanto meraih 58,59% suara. Pemilihan Gubernur DKI 11 Juli 2012 Pilgub DKI Jakarta digelar. PKS secara resmi mencalonkan Hidayat Nur Wahid dan Didik J. Rachbini sebagai calon gubernur dan wakil gubernur DKI Jakarta. Pasangan ini hanya menempati posisi ketiga dan tidak masuk ke putaran dua. Pasangan ini kalah dari Jokowi-Ahok dan Fauzi-Nachrowi. Hidayat-Didik hanya memperoleh 11,72% suara. Di putaran kedua, DPP PKS mendukung Fauzi Bowo dan Nachrowi Ramli
Pemilihan Gubernur Jabar 2013 - Pada 24 Februari 2013 Pilgub Jawa Barat digelar. PKS bersama PPP, Hanura, dan PBB secara resmi mencalonkan Ahmad Heryawan dan Deddy Mizwar sebagai calon gubernur dan wakil gubernur Jawa Barat. Pasangan ini berhasil memenangkan pilgub Jabar. Pasangan ini mengalahkan empat kandidat lainnya. Aher-Demiz memperoleh 32,39% suara. Dengan ini, Ahmad Heryawan kembali menjadi Gubernur Jawa Barat periode 2013-2018. Pemilu 2014 - Partai Keadilan Sejahtera mendapatkan nomor urut 3 dalam PEMILU 2014. Pengundian nomor urut dilakukan pada 14 Januari 2013. Nomor urut PKS diambil oleh Presiden PKS Luthfi Hasan Ishaaq dan Sekretaris Jenderal PKS Anis Matta.
Kegiatan Sosial - Pada bencana tsunami di Aceh pada tahun 2004 bersamaan dengan sukarelawan lainnya PKS pun ikut mengirimkan banyak sukarelawan untuk membantu penanganan bencana alam dan rekonstruksi ke Aceh. Selain itu PKS juga dikenal sebagai salah satu partai politik yang selalu peduli bencana. Setiap ada bencana, kader PKS selalu siap disiagakan untuk membantu masyarakat yang menjadi korban bencana. Adanya situs blog bernama PKSWatch yang mengkritik kebijakan-kebijakan PKS menuai kontroversi dan penentangan dari simpatisan PKS, yang kemudian mendorong terbentuknya blog PKSWatch Watch. Selain itu muncul pula blog bernama Forum Kader Peduli yang mengajak petinggi PKS untuk kembali ke jalan yang benar. Ketiga situs ini bukanlah situs resmi PKS. Namun belakangan blog PKSWatch tidak kembali muncul ke publik karena merasa adanya perbedaan pandangan dengan PKS.
Pada bulan April 2009, sebuah buku bertajuk Ilusi Negara Islam: Ekspansi Gerakan Islam Transnasional di Indonesia diterbitkan oleh The Wahid Institute, Gerakan Bhinneka Tunggal Ika, Maarif Institute, dan Libforall Foundation. Buku ini kontroversial karena melukiskan PKS sebagai agen kelompok garis keras Islam transnasional. Dalam buku ini, PKS dilukiskan melakukan infiltrasi ke sekolah dan perguruan tinggi negeri dan berbagai institusi yang mencakup pemerintahan dan ormas Islam antara lain Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah. Buku ini dikatakan akan diperbanyak di empat negara. Buku ini juga disebarkan secara cuma-cuma di Internet di situs resmi Gerakan Bhinneka Tunggal Ika.
Disamping itu ada beberapa isu hangat di masyarakat diantaranya PKS mengadakan Mukernas di Bali, PKS mengukuhkan dirinya sebagai Partai yang terbuka bagi non Muslim, PKS sebagai partai Islam memiliki beberapa anggota parlemen di kawasan Indonesia Timur beragama non Islam, Mengadakan Munas II di Hotel Ritz-Carlton, Mengundang beberapa Dubes termasuk Dubes Amerika Serikat untuk berdialog tentang Islam. Pada bulan Januari 2013, presiden partai yaitu Luthfi Hasan Ishaq menjadi tersangka Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dalam dugaan kasus impor daging sapi. Impor daging sapi ini memang sudah lama menjadi kontroversi oleh karena perijinannya berada di tangan Departemen Pertanian di mana pejabatnya diisi anggota PKS.
Sayap Politik PKS - KAMMI (Kesatuan Aksi Mahasiswa Muslim Indonesia) disebut-sebut sebagai sayap muda Partai Keadilan Sejahtera. Gerakan Tarbiyah menjadi pengajarannya. Dengan Sayyid Qutb dan Yusuf Qordhowi yang menjadi panutannya. PKS juga menjadikan Lembaga Dakwah Kampus sebagai sumber rekruitmen kader. Kader Sukses :
Hidayat Nur Wahid: Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (2004-2009).
Anis Matta: Wakil Ketua DPR (2009-2013).
Sohibul Iman: Wakil Ketua DPR (2013-2014)
Nur Mahmudi Ismail: Menteri Kehutanan Kabinet Persatuan Nasional (1999-2000); Walikota Depok (2005-2010, 2010-2015).
Anton Apriantono: Menteri Pertanian Kabinet Indonesia Bersatu (2004-2009).
Adhyaksa Dault: Menteri Pemuda dan Olahraga Kabinet Indonesia Bersatu (2004-2009).
Tifatul Sembiring: Menteri Komunikasi dan Informatika Kabinet Indonesia Bersatu II (2009-2014).
Salim Segaf Al-Jufri: Menteri Sosial Kabinet Indonesia Bersatu II (2009-2014).
Suswono: Menteri Pertanian Kabinet Indonesia Bersatu II (2009-2014).
Suharna Surapranata: Menteri Riset dan Teknologi Kabinet Indonesia Bersatu II (2009-2011).
Ahmad Heryawan: Gubernur Jawa Barat (2008-2013, 2013-2018)
Gatot Pujo Nugroho: Gubernur Sumatera Utara (2011-2013, 2013-2018)
Irwan Prayitno: Gubernur Sumatera Barat (2010-2015).
PKS dan isu aliran Wahabi - Hidayat Nur Wahid, Ketua MPR, mantan Ketua Umum PKS menyatakan : “Saya dan PKS bukan Wahabi”. Siapa (Apa) sebenarnya Wahhabi ? Muhammad Bin Abdul Wahhab dilahirkan di Nejed, tahun 1703 Masehi. Abdul Wahab tergolong Banu Siman, dari Tamim. Pendidikannya dimulai di Madinah yakni berguru pada ustadz Sulaiman al-Kurdi dan Muhammad Hayat al-Sind. Muhammad bin Abdul Wahhab adalah pendiri kelompok Wahabi yang mazhab fikihnya dijadikan mazhab resmi kerajaan Saudi Arabia, hingga saat ini. Dia dan pengikutnya lebih senang menamakan kelompoknya dengan al-Muwahhidun (pendukung tauhid). Namun orang-orang Eropa dan lawan-lawan politiknya menisbatkan nama ‘Wahabi’ untuk menjuluki beliau dan gerakan yang dipimpinnya.
