Konferensi Malino adalah sebuah konferensi yang berlangsung pada tanggal 15 Juli - 25 Juli 1946 di Kota Malino, Sulawesi Selatan dengan tujuan membahas rencana pembentukan negara-negara bagian yang berbentuk federasi di Indonesia serta rencana pembentukan negara yang meliputi daerah-daerah di Indonesia bagian Timur. Konferensi ini dihadiri oleh 39 orang dari 15 daerah dari Kalimantan (Borneo) dan Timur Besar (De Groote Oost).
Dalam kerangka SEAC setelah Perang Dunia II, Australia menyerahkan kembali wilayah Indonesia timur kepada Belanda pada 15 Juli 1946. Dengan demikian pemerintah Belanda(NICA) mendapatkan kembali wilayah Indonesia timur de jure and de facto. Segera setelah penyerahan ini, pemerintah NICA dipimpin oleh Letnan Gubernur Jendral Van Mook mengadakan Konferensi Malino pada tanggal 15 Juli - 25 Juli 1946 di Kota Malino, Sulawesi Selatan. Konferensi ini dihadiri oleh 39 orang dari 15 daerah dari Kalimantan (Borneo) dan Timur Besar (De Groote Oost) dengan tujuan membahas rencana pembentukan negara-negara bagian yang berbentuk federasi di Indonesia serta rencana pembentukan negara yang meliputi daerah-daerah di Indonesia bagian Timur.
Dalam konferensi yang dipimpin Gubernur Jenderal Hindia Belanda Van Mook tersebut dibentuk Komisariat Umum Pemerintah (Algemeene Regeeringscommissaris) untuk Kalimantan dan Timur Besar yang dikepalai Dr. W. Hoven. Diangkat pula menjadi anggota luar biasa Dewan Kepala-kepala Departemen (Raad van Departementshooden) untuk urusan kenegaraan adalah Sukawati (Bali), Najamuddin (Sulawesi Selatan), Dengah (Minahasa), Tahya (Maluku Selatan), Dr. Liem Tjae Le (Bangka, Belitung, Riau), Ibrahim Sedar (Kalimantan Selatan) dan Oeray Saleh (Kalimantan Barat), yang disebut pula "Komisi Tujuh". Peraturan pembentukan negara-negara bagian diputuskan dalam konferensi berikutnya di Denpasar, Bali. Sebelum itu akan dilangsungkan konferensi dengan wakil golongan minoritas di Pangkal Pinang, Pulau Bangka.