Sejarah Universitas Indonesia dapat ditelusuri sejak tahun 1849. Ketika itu, pemerintah kolonial Belanda mendirikan sebuah sekolah yang bertujuan untuk menghasilkan asisten dokter tambahan. Pelajar di sekolah itu mendapatkan pelatihan kedokteran selama dua tahun. Lulusannya diberikan sertifikat untuk melakukan perawatan-perawatan tingkat dasar serta mendapatkan gelar Dokter Jawa (Javanese Doctor), bergelar demikian karena dokter ini hanya diberi izin untuk membuka praktek di wilayah Hindia Belanda, terutama di pulau Jawa. Pada tahun 1864, program pendidikan tersebut ditambah waktunya menjadi tiga tahun, dan pada tahun 1875 menjadi 7 tahun. Gelar yang diberikan pun berubah menjadi Dokter Medis (Medical Doctor).
Pada tahun 1898, pemerintah kolonial mendirikan sekolah baru untuk melatih tenaga medis, yaitu STOVIA (School tot Opleiding van Indische Artsen). Pendidikan di STOVIA berlangsung selama 9 tahun: 3 tahun setingkat SMP, tiga tahun setingkat SMA, dan tiga tahun lainnya setingkat Diploma. Banyak lulusan STOVIA yang kemudian memainkan peranan penting dalam pergerakan kemerdekaan Indonesia.
Pada tahun 1924 pemerintah kolonial mendirikan RHS (Rechts Hogeschool) yang bertujuan untuk memenuhi tenaga administrasi sipil rendahan. RHS inilah yang menjadi cikal-bakal Fakultas Hukum UI. Pada tahun 1927 mengubah status dan nama STOVIA menjadi GHS (Geneeskundige Hogeschool). Gedung pendidikan dan pelatihan kedokteran yang digunakan GHS menjadi gedung Fakultas Kedokteran UI saat ini. Banyak alumni GHS yang kemudian berperan besar dalam pendirian Universitas Indonesia.
Setelah kemerdekaan Indonesia dideklarasikan pada tanggal 17 Agustus 1945, Badan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia (BPTRI) didirikan di Jakarta. BPTRI memiliki tiga fakultas, yaitu Kedokteran dan Farmasi, Sastra, dan Hukum. Pada tahun yang sama, institusi ini berhasil meluluskan 90 orang sebagai dokter. Ketika tentara kolonial Belanda kembali menguasai Jakarta pada akhir tahun 1945, BPTRI dipindahkan ke Klaten, Surakarta, Yogyakarta, Surabaya, dan Malang. Pada tanggal 21 Juni 1946 NICA mendirikan sebuah Nood Universiteit atau Universitas Sementara di Jakarta. Pada tanggal 21 Maret 1947, nama Nood Universiteit diganti menjadi Universiteit van Indonesie (UVI). Akhirnya, setelah Jakarta berhasil diambil alih kembali, pemerintah mengembalikan BPTRI ke Jakarta dan menggabungkannya dengan Universiteit van Indonesie, dan memberinya nama baru Universiteit Indonesia (UI).
UI secara resmi memulai kegiatannya pada 2 Februari 1950 dengan presiden (saat ini disebut rektor) pertamanya Ir. R.M. Pandji Soerachman Tjokroadisoerio. Kantor Presiden Universiteit Indonesia mula-mula berkedudukan di Jakarta, tepatnya di gedung Fakultas Kedokteran di Jl Salemba Raya no. 6, kemudian dipindahkan ke salah satu bangunan bekas pabrik madat di Jl. Samlemba Raya no. 4, Jakarta. Tanggal 2 Februari 1950 kemudian dijadikan hari kelahiran Universitas Indonesia.
Awalnya, UI memiliki 9 fakultas dan 3 lembaga yang tersebar di lima kota, yaitu Fakulteit Kedokteran, Fakulteit Ilmu Hukum dan Ilmu Pengetahuan Masyarakat, serta Fakulteit Sastra dan Filsafat di Jakarta; Fakulteit Ilmu Alam dan Ilmu Pasti, Fakulteit Ilmu Pengetahuan Teknik, dan Lembaga Pendidikan Guru Menggambar di Bandung; Fakulteit Pertanian dan Fakulteit Kedokteran Hewan di Bogor; Fakulteit Ekonomi di Makassar; Fakulteit Kedokteran dan Lembaga Kedokteran Gigi di Surabaya.
Pada tahun 1955, Undang-Undang No. 10 tentang pengubahan kata universiteit, universitet, dan universitit disyahkan, sehingga sejak itu, Universiteit Indonesia secara resmi diubah namanya menjadi Universitas Indonesia.
Berangsur-angsur fakultas-fakultas yang berada di daerah memisahkan diri membentuk lembaga pendidikan yang berdiri sendiri. Pada tanggal 2 Maret 1959 Fakultas Teknik dan Fakultas Ilmu Pengetahuan Alam di Bandung terbentuk dan berkembang menjadi Institut Teknologi Bandung. Selanjutnya pada 1 September 1963 Fakultas Pertanian dan Fakultas Kedokteran Hewan UI memisahkan diri pula menjadi Institut Pertanian Bogor (IPB) yang kini menjadi perguruan tinggi pertanian terkemuka bertaraf internasional. Fakultas di Surabaya menjadi Universitas Airlangga dan di Makassar menjadi Universitas Hasanuddin. Pada 1964 Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Jakarta dan kini berubah kembali menjadi Universitas Negeri Jakarta.
Ketika Orde Baru dimulai pada tahun 1966, pemerintah menunjuk beberapa guru besar UI untuk menduduki jabatan menteri dengan tujuan untuk memulihkan kembali situasi ekonomi nasional. Sejak saat itu, UI secara konstan telah memberikan kontribusi nyata pada usaha-usaha pemerintah untuk meraih kemakmuran nasional.
Pada tanggal 26 Desember 2000 melalui Peraturan Pemerintah Nomor 152 tahun 2000, UI ditetapkan sebagai perguruan tinggi berstatus badan hukum milik negara (BHMN). Dalam status tersebut, UI wajib lebih mengedepankan kinerja pengelolaan sebuah universitas publik dengan prinsip-prinsip efisiensi, efektivitas, akuntabilitas, dan transparansi. Status sebagai BHMN tersebut direncanakan akan berakhir paling lambat pada tahun 2013, dan saat ini UI sedang dalam masa transisi pengembalian status menjadi perguruan tinggi negeri.
Salemba - Kampus Salemba terletak di daerah Salemba, Jakarta Pusat [6]. Fakultas yang berada di kampus ini adalah Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi, dan beberapa program pascasarjana, program Ekstensi dan Magister Manajemen Fakultas Ekonomi, serta laboratorium Fakultas Teknik.
Depok - Kampus Depok, terletak di Kota Depok, Jawa Barat [7], dibangun pada pertengahan tahun 1980-an untuk mengakomodasi modernisasi universitas. Saat ini, Kampus Depok adalah kampus utama Universitas Indonesia. Sebagian besar fakultas di UI (MIPA, Teknik, Psikologi, Hukum, Ekonomi, Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Ilmu Pengetahuan Budaya, Ilmu Komputer, Kesehatan Masyarakat, Ilmu Keperawatan) berada di sini. Kampus Depok dilewati oleh rel kereta Jakarta-Bogor sehingga mahasiswa mendapatkan kemudahan transportasi.
Perpustakaan Pusat Universitas juga terletak di sini. Selain itu terdapat pula berbagai fasilitas lain seperti Pusat Administrasi Universitas, Pusat Kegiatan Mahasiswa, gymnasium, stadion, lapangan hoki, penginapan (Wisma Makara), agen perjalanan Makara Tour & Travel, dan asrama.
Pada tahun 2008, Universitas Indonesia menjadi pemenang dalam Indonesia ICT award untuk Smart Campus dengan Best Content and Application. Untuk kategori Accessibility and Connectivity, Universitas Indonesia juga mendapat Merit Award. Saat ini 90% area universitas sudah dilingkupi oleh infrastruktur dan layanan IT (hostpot) dengan bandwidth sebesar 305 Mbytes per second ke Internet dan 155 Mbps ke Jaringan Riset Pendidikan Tinggi Indonesia (INHERENT).
