Pemerintahan Charles juga ditandai dengan konflik agama. Kegagalannya dalam membantu pasukan Protestan selama Perang Tiga Puluh Tahun, ditambah dengan kenyataan bahwa ia menikah dengan seorang Wanita Katolik Roma, menghasilkan ketidakpercayaan yang mendalam mengenai aturan Raja (dogma). Charles lanjut bersekutu dengan tokoh rohaniwan kontroversial, seperti Richard Montagu dan William Laud, yang Charles tunjuk jadi Uskup Agung Canterbury. Banyak tindakan Charles membawa Gereja Inggris terlalu dekat dengan Gereja Katolik Roma. Upaya berikutnya Charles untuk memaksa reformasi agama terhadap Skotlandia menyebabkan Wars Bishops, memperkuat posisi parlemen Inggris dan Skotlandia dan membantu mempercepat kejatuhan sendiri.
Tahun terakhir Charles ditandai oleh Perang Saudara Inggris, di mana ia berjuang melawan kekuatan parlemen Inggris dan Skotlandia, yang menantang upayanya untuk menolak dan meniadakan otoritas parlemen, sementara secara bersamaan menggunakan posisinya sebagai kepala Gereja Inggris untuk mengejar kebijakan agama yang dihasilkan antipati dari reformasi kelompok seperti Puritan. Charles dikalahkan dalam Perang Saudara Pertama (1642-1645), setelah Parlemen mengharapkan dia untuk menerima tuntutan untuk sebuah monarki konstitusional.
Dia malah tetap menantang dengan mencoba untuk membentuk sebuah aliansi dengan Skotlandia dan melarikan diri ke Isle of Wight. Ini memicu Perang Saudara Kedua (1648-1649) dan kekalahan kedua untuk Charles, yang kemudian ditangkap, diadili, divonis, dan dieksekusi untuk pengkhianatan tingkat tinggi. The monarki kemudian dihapuskan dan republik yang disebut Persemakmuran Inggris, juga disebut sebagai Interregnum Cromwellian, didirikan. Putra Charles, Charles II, yang tanggal aksesinya dari kematian ayahnya, tidak mengambil tampuk pemerintahan sampai pemulihan monarki pada tahun 1660.
Charles dipenggal pada Selasa, 30 Januari 1649. Dilaporkan bahwa sebelum eksekusi ia mengenakan pakaian hangat untuk mencegah cuaca dingin menggigil. Eksekusi berlangsung di Whitehall pada perancah di depan Gedung Banqueting. Charles dipisahkan dari rakyat dengan jajaran besar tentara, dan pidato terakhirnya hanya mencapai mereka dengan dia di tiang gantungan. Dia menyatakan bahwa dia telah menginginkan kebebasan dan kebebasan rakyat sebanyak apapun.
Charles meletakkan kepalanya di blok setelah mengatakan doa dan tanda algojo ketika ia siap, ia kemudian dipenggal dengan satu stroke bersih. Kata-kata terakhirnya adalah, "Aku akan pergi dari fana ke Crown fana, di mana tidak ada gangguan didapat." Philip Henry mencatat bahwa saat setelah eksekusi, erangan terdengar dari kerumunan berkumpul, beberapa di antaranya kemudian mencelupkan saputangan mereka dalam darahnya, namun tidak ada sumber saksi mata lainnya, termasuk Samuel Pepys untuk catatan ini. Henry menulis selama Restorasi, sekitar 12 tahun setelah peristiwa itu, meskipun Henry berumur 19 tahun ketika Raja itu dieksekusi dan ia dan keluarganya adalah penulis propaganda Royalist.
Algojo bertopeng itu, dan ada beberapa perdebatan tentang identitasnya. Hal ini diketahui bahwa Komisaris terdekat Richard Brandon, yang Hangman umum London, tapi dia menolak, dan sumber-sumber kontemporer umumnya tidak mengidentifikasi dirinya sebagai algojo Raja. Pertanyaan Sejarah Ellis, Namun, nama-nama dia sebagai algojo, berpendapat bahwa ia menyatakan sehingga sebelum meninggal. Hal ini dimungkinkan dia mengalah dan setuju untuk melakukan komisi, tetapi ada orang lain yang telah diidentifikasi. Sebuah Gunning Irlandia bernama secara luas diyakini memiliki Charles dipenggal, dan sebuah plakat penamaan dia sebagai algojo pada acara di pub Kings Head di Galway, Irlandia.
William Hewlett dihukum karena pembunuhan raja setelah Restorasi. Pada tahun 1661, dua orang diidentifikasi sebagai "Dayborne dan Bickerstaffe" ditangkap namun kemudian dibuang. Henry Walker, seorang wartawan revolusioner, atau saudaranya William, diduga tetapi tidak pernah dikenakan biaya. Berbagai legenda lokal di seluruh Inggris nama worthies lokal. Pemeriksaan yang dilakukan pada tahun 1813 di Windsor menunjukkan bahwa eksekusi itu dilakukan oleh seorang algojo yang berpengalaman. Ini adalah praktek umum untuk kepala seorang pengkhianat yang akan mengangkat dan dipamerkan kepada orang banyak dengan kata-kata "Lihatlah kepala pengkhianat!" Meskipun kepala Charles dipamerkan, kata-kata itu tidak digunakan.
Dalam sebuah gerakan belum pernah terjadi sebelumnya, salah satu pemimpin revolusioner, Oliver Cromwell, memungkinkan kepala Raja yang akan dijahit kembali ke tubuhnya sehingga keluarga bisa memberikan penghormatan. Charles dimakamkan secara pribadi pada malam 7 Februari 1649, dalam Henry VIII lemari besi di Chapel St George, Windsor Castle. Kerajaan pengikut Sir Thomas Herbert, Kapten Anthony Mildmay, Sir Henry Firebrace, William Levett Esq. dan Abraham Dowcett (Dowsett kadang-kadang dieja) disampaikan tubuh Raja ke Windsor. Putra Raja, Raja Charles II, kemudian merencanakan kerajaan rumit makam, tetapi itu tidak pernah dibangun.
Sepuluh hari setelah eksekusi Charles, sebuah memoar mengaku ditulis oleh raja muncul untuk dijual. Buku ini, yang Basilike Eikon (Yunani: "Portrait Royal"), mengandung apologia untuk kebijakan kerajaan, dan itu terbukti sepotong efektif propaganda royalis. William Levett, mempelai pria Charles dari kamar tidur, yang didampingi Charles pada hari eksekusi, bersumpah bahwa ia sendiri telah menyaksikan Raja menulis Basilike Eikon. John Cooke menerbitkan pidato yang akan disampaikan jika Charles telah memasuki permohonan, sementara Parlemen menugaskan John Milton untuk menulis jawaban, maka Eikonoklastes ("The ikonoklas"), namun respon mencapai sedikit kemajuan melawan pathos royalis yang buku.
Setelah kematian raja, beberapa karya yang ditulis mengekspresikan kemarahan dari orang-orang di tindakan semacam itu. Kemampuan untuk mengeksekusi seorang raja, diyakini menjadi juru bicara Allah, adalah kejutan ke negara itu. Beberapa puisi, seperti Katherine 'Phillips Atas Pembunuhan ganda Raja Charles, mengungkapkan kedalaman kemarahan mereka. Dalam puisinya, Phillips menggambarkan "pembunuhan ganda" raja, pelaksanaan hidupnya serta pelaksanaan martabatnya. Dengan membunuh seorang raja, Phillips mempertanyakan umat manusia secara keseluruhan-apa yang mereka mampu, dan bagaimana rendah mereka akan tenggelam.
